У тебя не излишек фабрик, а недостаток поселенцев наблюдается  
А серьезно: нет, не влияет.
Лишние фабрики просто простаивают. Некому на них работать. :-)

чтобы врагу ничего не оставить

А вот это для того , чтоб на обломках твоего сканера вражина не нашёл научного артефакта .

Вопрос - излишек фабрик (больше необходимого на данное количество населения) как то влияет на производство и ресурсы? А то у меня такое чувство, что на таких планетах корабли строятся медленнее.

А зачем тогда есть команда "уничтожить фабрику" и т.д. ?

А зачем тогда уничтожать сканер? Он и так врагу не достается